正常人体各部位存在着大量的微生物（如皮肤、口、咽部、阴道和结肠等），这些微生物在宿主细胞上定居、生长和繁殖的现象称为“定植”，定植的细菌称为“正常菌种”，正常菌种对保持人体生态平衡和内环境的稳定有重要作用。许多因素诸如宿主患病、医疗措施影响、外来菌侵袭及抗菌药物使用等会造成：

    （1）菌群失调，患者常表现腹泻、结肠炎、严重者致二重感染； 

    （2）定位转移，正常菌群可自原有部位转移到其他部位引起感染； 

    （3）内源性感染，又称“自身感染”或“机会感染”。

       以上问题在宿主免疫功能缺陷时常见。 微生物的致病性是相对的，一种致病菌如数量少可不致病；一种非致病菌数量多时可能致病。致病微生物引起感染时只要消灭致病体就可以达到治愈的目的；而正常菌群所致内源性感染时，不可能消灭菌群，应采取措施调整菌群。
       人体不同部位的正常菌群：
       皮肤：葡萄球菌属、八叠球菌、类白喉杆菌、绿脓杆菌、坐疮丙酸杆菌、厌氧G+球菌、青霉菌等。
       肠道（空肠末、回肠、结肠）：大肠杆菌、产气杆菌、变形杆菌属、绿脓杆菌、葡萄球菌属、八叠球菌、肠球菌、产气荚膜杆菌、类杆菌属、双歧杆菌、真杆菌属、棱杆菌属、消化球菌、消化链球菌、白念珠菌、埃可病毒、腺病毒等。
       前尿道：表面葡萄球菌、非致病抗酸杆菌、肠球菌属。
       阴道：乳杆菌、类白喉杆菌、大肠杆菌、类杆菌属、肠球菌属、奈瑟球菌属、厌氧球菌属等。
       每种感染均有特异的病原微生物，称致病菌。临床上泌尿生殖器感染常见的致病菌包括：金黄葡萄球菌、溶血性链球菌、淋球菌、假单胞菌属（绿脓杆菌等）、白喉杆菌、大肠杆菌、结核杆菌、支原体属、衣原体属、各种病毒、各种真菌、滴虫等。