尿路感染症はあらゆる細菌が尿路に侵入した場合に起こります。最も一般的なのは大腸菌で、60 ~ 80%を占めます。その後に副大腸菌、トランスフス菌、クレベルス菌、フアニン菌、アルカリ菌、ブドウ球菌、緑膿菌など、たまに、真菌、ウイルス、寄生虫などによって引き起こされることがあります。

　上記の尿路感染症の原因菌は、主に腸が普段から持っている原因菌か、腸内に普段から寄生している日和見菌です。

　感染の一般的なルールは:最初の尿路感染、無症状の細菌尿、その原因菌は大腸菌が多い；一方、入院中に尿路感染症にかかったり、尿路梗塞がある人、複数の抗菌薬を使っている人、経尿や膀胱鏡検査などで検査を受けている人に多いのが、糞連球菌、プロテオバクター、クレベス菌などです。

　緑膿菌尿路感染症は、インスツルメンテーション後によく見られます。 プロテウスは尿路結石でより一般的です。 黄色ブドウ球菌は一般的な血液媒介感染症です。

　近年では、血漿凝固酵素陰性の金葡の尿路感染は出産期の女性に多く見られ、その発生は性生活と関連があることがわかっています。