正常な人体の各部位には微生物(皮膚、口、咽喉、膣、結腸など)がたくさんいます。これらの微生物が宿主の細胞の上に定着し、増殖することを「定植」といいます。定植した細菌を「常在菌種」といいます。宿主の病気、医療処置の影響、外来菌による侵襲、抗菌薬の使用など、様々な要因が起こります。

　(1)細菌群の失調、患者はよく下痢、結腸炎、重症の場合は二重感染症を示します;

　(2)位置が転移して、常在菌グループが元の部位から他の部位に転移して感染を引き起こします。

　(3)内因性感染は、「自己感染」や「機会感染」とも呼ばれます。

　上記の問題は宿主免疫不全の場合によく見られます。微生物の病原性は相対的で、一種類の病原性病菌は数が少なければ病気になりません;非病原性の菌が多いと病気になります。病原微生物による感染では、病原体を消滅させれば完治が可能です。一方、常在菌による内因性感染の場合は、菌群を消滅させることはできないので、菌群の調整を行う必要があります。
　人体の常在菌の部位が違います。
皮膚：ブドウ球菌、ヤタ球菌、ジフテリア菌、緑膿菌、プロパン菌、嫌気性G+球菌、アオカビなどです。
腸(空腸、回腸、結腸)：大腸菌、ガステリア、トランスフォビア属、緑膿菌、ブドウ球菌属、オクタ球菌、腸球菌、ウェルシュ菌、コカス菌属、ビフィズス菌、アヤ菌属、消化球菌、消化連鎖球菌、カンジダ菌、エコウイルス、アデノウイルスなどです。
前尿道：表面ブドウ球菌、抗酸菌、腸球菌などがあります。
膣：ラクトバクター、ジフテリア菌、大腸菌、レフトバクター属、エンテロコッカス属、ネッセコッカス属、嫌気性球菌属などです。
　それぞれの感染には病原菌と呼ばれる特異な病原微生物がいます臨床的によくある泌尿器感染症の原因菌には、黄色ブドウ球菌、溶血性レンサ球菌、淋球菌、偽桿菌属(緑膿菌など)、ジフテリア菌、大腸菌、結核菌、マイコプラズマ属、クラミジア属、各種ウイルス、各種菌類、トリコモナスなどがあります。